赤藓糖醇与木糖醇可以从甜度、清凉效果、能量系数、安全性与耐受量、吸湿性、机体吸收代谢量六个方面来说明两者的区别。
1、甜度不同
木糖醇的相对甜度为几乎与蔗糖相同，为1.0，赤藓糖醇的相对甜度为0.7左右，木糖醇相对甜度更高。
2、清凉效果不同
木糖醇和赤藓糖醇都具有清凉感，但赤藓糖醇的清凉效果比木糖醇好一些。这是由于赤藓糖醇溶解吸收热最高，赤藓糖醇溶解热为-43 kcal/g，木糖醇为-36.5 kcal/g。
3、能量系数不同
在GB 28050-2011问答中，规定赤藓糖醇的能量系数为0 kJ/g，木糖醇能量系数为10 kJ/g。实际上，赤藓糖醇的能量系数大约为1.7kJ/g，木糖醇为16.7kJ/g。
4、安全性与耐受量不同
赤藓糖醇的耐受量大约是木糖醇的2倍，赤藓糖醇的男士耐受量约为0.68 g/kg体重，女士耐受量约为0.8 g/kg体重；木糖醇的男士耐受量约为0.3 g/kg体重，女士约为0.3-0.5 g/kg体重。
木糖醇食用过多会产生腹胀、肠鸣和腹泻等副作用，而赤藓糖醇耐受量更高，不易引起产气或轻度腹泻等副作用。
5、吸湿性不同
木糖醇吸湿性比赤藓糖醇高：赤藓糖醇在90%的空气湿度下也不会吸湿；木糖醇在相对湿度 86%（23℃，2d）水分吸收量大约为7.64%。
6、机体吸收代谢量不同
赤藓糖醇进入机体后，由于不能被任何酶系统消化降解，只能通过肾从血液中滤去，经尿排出体外。另有10%进入大肠，也几乎不能被细菌发酵利用。
木糖醇 80％通过肝脏代谢，50％以上转变为葡萄糖，45％左右被氧化，其他很少一部分变成乳酸。
